食品安全检测主要包括对农药残留、兽药残留、微生物、重金属、毒素、添加剂及化学品、包装材料等的检测。
(1)农药检测农药是在农业生产中，为保障、促进植物和农作物的成长，所施用的杀虫、杀菌、杀灭有害动物(或杂草)的一类药物的统称。特指在农业上用于防治病虫以及调节植物生长、除草等药剂。根据原料来源可分为有机农药、无机农药、植物性农药、微生物农药。此外，还有昆虫激素。根据加工剂型可分为粉剂、可湿性粉剂、可溶性粉剂、乳剂、乳油、浓乳剂、乳膏、糊剂、胶体剂、熏烟剂、熏蒸剂、烟雾剂、油剂、颗粒剂、微粒剂等。大多数是液体或固体，少数是气体。
因为农药的大量使用，已经使得害虫的抗药性大大增强。研究表明，至少有500多种昆虫对一些农药具有抗药性。近几年的检测结果显示，蔬菜农药残留量的抽查结果zui为引人关注，有资料显示，全国23个大中城市的大型蔬菜批发市场，有47.5%的蔬菜农药残留量超过国家标准，其中包括非法使用国家禁用和限用的农药，如鲜活水产品中的有机氯残留、茶叶中的有机磷残留等。
(2)兽药检测习惯上将用于预防和治疗畜禽疾病的药物称为兽药。兽药残留是指给动物使用药物后积蓄或储存在动物细胞、组织或器官内的药物原形、代谢产物和药物杂质。世界卫生组织食品添加剂联合专家委员会(JECFA)1987年第32次会议将兽药残留分为七类：抗生素类、驱肠虫药类、生长促进剂类、抗原虫药类、灭锥虫药类、镇静剂类和l3一肾上腺素类，如土霉素、四环素、氯霉素等。
(3)重金属检测重金属指相对原子量较大的金属元素，比如汞、铅、镉等，砷也可算重全属，但不是我们传统意义上的金属。通常来讲，重金属对人都有毒害作用。由于水域污染、土壤污染、大气污染等环境污染造成种植、养殖业的农副产品的污染。
(4)生物毒素检测生物毒素是由各种生物(动物、植物、微生物)产生的有毒物质。估计有毒的海洋生物大约在1000种以上，但充分阐明有毒成分的化学结构和毒理作用的仅几十种。毒素本身可能是生物体有意合成的生物合成产物，也可以是体内代谢过程的废弃物，还有是从其食物中吸收、蓄积或改造而成的。学术文献中所称的生物毒素主要是指各种霉菌产生的毒素如由镰刀菌、黄血霉菌、黑曲霉菌产生的毒素。这些毒素可以在植物上生长繁殖而且往往深入其内部，用浸泡、清洗、去皮等办法均难以彻底清除干净。
(5)添加剂检测添加剂泛指为提高化工产品质量、性能和使用效果的配合料或辅助料，添加到产品主要原料当中，从而改善产品性能。主要用于印染、食品、饲料等行业。食品添加剂是指为改善食品品质和色、香、味以及为防腐、保鲜和加工工艺的需要而加入食品的人工合成或者天然物质。化学合成的食品添加剂大都有一定的毒性，也就是说其对机体造成损害的能力，特别是非法使用国家禁用或限用的添加剂对人体有很大危害，所以使用时要严格控制使用量。饲料添加剂指为满足特殊需要而在饲料中加入的少量或微量营养性或非营养性物质。
(6)包装材料检测包装材料指用于制造包装容器、包装装潢、包装印刷、包装运输等满足产品包装要求所使用的材料，它既包括金属、塑料、玻璃、陶瓷、纸、竹本、野生蘑类、天然纤维、化学纤维、复合材料等主要包装材料，又包括涂料、黏合剂、捆扎带、装潢材料、印刷材料等辅助材料。
